Rzecz dzieje się w bliżej nieokreślonym czasie przyszłym. Kiedy ludzkość stanęła na krawędzi zniszczenia, pojawiła się nowa, tajemnicza rasa - Wampiry. Ludzkość zdołała podnieść się z gruzów, jednak nie do takiego poziomu jak dawniej. Świat zaczął przypominać ten z przełomu XIX i XX wieku.
Do Akademii Cross uczęszczają dwie grupy uczniów: Klasa Dzienna i Klasa Nocna. Codzień, o zmierzchu, dwie klasy mijają się. Uczniowie dzienni wracają do swoich dormiotoriów, uczniowie nocni ruszają na zajęcia. Yuki Cross i Zero Kiryu, dwójka prefektów szkoły, ma za zadanie utrzymać w tajemnicy prawdziwe tożsamości tych drugich, jako że są to wampiry.
Geneza miejsca akcji sięga nieco wcześniej. Były Łowca Wampirów, Kaien Cross, postanowił wprowadzić w życie swoje ideały pokojowej koegzystencji pomiędzy ludźmi i wampirami. W tym celu stworzył akademię, do której uczęszczają przedstawiciele obu gatunków. Wspomaga go w tym Kuran Kaname, wampir czystej krwi, który staje się gwarantem tego, że wampirzy uczniowie nie będą atakować ludzi, a do zaspakajania swojego głodu krwi używają specjalnej, syntetycznej krwi, zamkniętej w niewielkich, białych tabletkach.
Poza tym wszystkim istnieją jeszcze dwie organizacje. Związek Łowców, zajmujący się eksterminacją realnie zagrażających ludzią wampirów i Rada Wamprirów, sprawująca władzę nad swoim gatunkiem.